药学部于1923年与建院同期成立，历经百年风雨春秋，为国家首批三级甲等医院所属的综合性药学管理部门，全国首批18家临床药学试点单位之一，1989年即开展临床药学研究工作。药学部建有全国领先的药学平台，已获批成为国家药品不良反应监测哨点医院、全国抗菌药物临床应用监测网中心成员单位、湖北省临床药学质量控制中心成员单位，也是中国医院协会临床药师培训基地、中华医学会临床药师培训基地、“卫健委”紧缺人才临床药师培训基地，还拥有武汉大学组合生物合成与新药发现教育部重点实验室所属临床药物研究所，国家中医药管理局中药制剂三级实验室。